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 La Microbiologie

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quinlan_vos
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MessageSujet: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeSam 1 Aoû - 16:17

Un topic pour que ceux qui s'y connaissent puissent nous expliquer ce qu'est cette science barbare, en quoi elle consiste, sur quoi elle se base, etc...
En vous remerciant par avance.
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeSam 1 Aoû - 18:28

Bon,je vais faire simple :

La microbiologie est l'étude des micro organismes (bactérie, archées, protistes, chromiste, champignons)
Pour ce faire, on se base sur divers outils que sont les cultures microbiennes, la biologie moléculaire (modification génétique), la génomique (séquence du génome), la biochimie (pour le métabolisme)

Ces outils permettent de caractériser les micro organismes selon plusieurs point important :
- leur morphologie (et par là leur structure Gram+, Gram -, Mycobactérie etc..)
- leur métabolisme (voie métabolique, de quoi elle se nourrit, source d'énergie etc..)
- leur particularité génomique, comme la présence d'îlots, de plasmide ou autre.

Ce qu'il y a a savoir, c'est q'une espece bactérienne se caractérise par un pan génome, et que les souches différent. Toutes sont composés d'un Core génome et de divers modules, que ceux ci soient des plasmides (chromosome bactérien supplémentaire) des transposons (éléments génétique faisant du couper coller ou du copier coller) ou des îlots (zone mobile, origine inconnus).
On différencie les espece bactérienne d'une part par la synténie (carte des gènes) et par le pourcentage en base G/C.

Maintenant, c'est là que çà devient drôle : Le gros problème est que 80% des especes bactériennes sont pas cultivable en l'état actuel des connaissances.
Donc, pour les étudier on a recours à la métagénomqiue et au séquençage de l'environnement.
On reconstitue ainsi les génome des organisme et on leur attribue un taxon grâce à çà. Et aussi une fonction pour les gènes.


Je vais aborder le cas des virus dans un autre post, ainsi que l'histoire de la mcrobiologie-virologie.
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeSam 1 Aoû - 18:29

Super intéressant.

Poste la suite ici, tant qu'à faire, qu'on s'y retrouve au moment de faire les pages HTML...
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeSam 1 Aoû - 18:31

quinlan_vos a écrit:
Super intéressant.

Poste la suite ici, tant qu'à faire, qu'on s'y retrouve au moment de faire les pages HTML...

Ok, mais là c'est une définition concise en l'état actuel. çà va me demander un peu de temps par contre pour le reste.
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeSam 1 Aoû - 19:07

Pas de souci, tu as tout ton temps.
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeSam 1 Aoû - 20:45

Histoire de la microbiologie :
voici un bref historique. Pour rester concis, je n'ai pas abordé les points médicaux ou chaque découverte de germe, mais seulement ceux lié à la connaissance et à la compréhension de ces organismes.
Chaque concept sera développé dans un post ultérieur.
Aristote (-384 à -322) : théorie de la génération spontanée qui sera accéptée pendant des années.
Lucrèce (- 98 à -55) : Remise en cause de la génération spontanée et supposition d'une origine biologique au maladies.
Fracastoro 1546 supposera l'origine biologique des maladies
Anton van Leeuwenhoek 1676, observation d'animalcule" avec un microscope. A noter que d'après ces observation, il a pu observer des protistes.
1838 : théorie cellulaire, stipulant que tout les êtres vivant sont formés de cellules, que ces mêmes cellule sont les unités basique de structure et de fonction et que les nouvelles cellule proviennent d'ancienne cellule.
1835 : découverte de maladie d'origine fongique, chez les ver à soie.
1857 : découverte de la fermentation microbienne par Louis pasteur. Ici, la fermentation acétique.
La fermentation étant le processus d'oxydation en utilisant comme accepteur d'electron une molecule organique (en lieu et place d'oxygèe ou autre oxydant)
1861 : Pasteur prouve que les micro organismes ne sont pas issu de la génération spontannée.
1869 : découverte des acides nucléique
1876 : découverte de Bacillus anthracis par Koch.
1880 : découverte de Plasmodium falciparum par Laveran
1881 : découverte du vaccin anti anthrax par Pasteur
Koch teste la culture de micro organisme sur gélatine. Ensuite, suite à la suggestion de la femme de son assistant, utilisation d'agar.
1882 : découverte de mycobacterium tuberculosis par Koch.
1884 : Metchinikoff décrit la phagocytose, développement de l'autoclave et de la coloration de gram.
L'autoclave est une machine stérilisant les instrument en les soumettant à de la vapeur sous pression à une température de 121°.
La coloration de Gram est un procédé de coloration des micro organisme donnant une indication sur la structure. On utilise pour celà du cristal violet et de la fushine. Une couleur violet indique une bactérie Gram + , tandis que le rose indique Gram -
Le plus important cette année là étant la formulation du postulat de Koch (qui sera remis à jour en ce qui concerne les virus)
1887: Richard Petri développe la boîte qui porte depuis son nom.
1915 : découverte des bactériophage (virus infectant les bactérie) par félix d'Herelle.
1928 : transformation bactérienne découverte par Griffith.
1931 : photosynthèse bactérienne sans production d'oxygène mise en évidence par Van Niel.
1937 : introduction de la distinction Procaryote/eucaryote par Chatton.
1946 : Découverte de la conjugaison bactérienne par Lederberg et Tatum.
1950 : Découverte de la lysogénie par Lwoff
découverte des transposons par Barbara Mc Clintock, qui gagnera le prix nobel de Médecine en 1983.
1952 : mise en évidence de l'injection d'ADN par les phages.
Lederberg pose les bases de la définition de plasmide
1955 : le facteur F est un plasmide, décuverte par Monod.
1959 : transfert horizontal de gene, parSawada.
1961 : Modèle de l'operon par Jacob et Monod.
1970 : découverte des enzyme de restriction et de la reverse transcriptase.
1973 : Test d'Ames, pour la carcirogénèse.
Clonage de gène par utilisation de plasmide.
1977 : Carl Woese et la phylogénie par l'utilisation de l'ARN 16S. Division Archéebactérie, Eubactérie, Eucaryotes
Séquençage de Sanger
1982 : découverte de l'ARN catalytique, par Cech et Altman.
1984 : PCR développé par Mullis.
Années 1990 : Cavalier Smith et la révolution Neomurienne, proposition d'une autre systématique
2000 : Vibrio cholerae possède 2 chromosomes !


Source : Prescott's Microbiology 5th edition pour la chronologie, wikipédia pour ce qui concerne Thomas Cavalier Smith.
http://en.wikipedia.org/wiki/Thomas_Cavalier-Smith#Cavalier-Smith.27s_eight_kingdom_model
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 6:52

Concepts clés en microbiologie :

Postulats de Koch, version mise à jour
-Le trait de virulence à l'étude doit être plus régulièrement associé aux souches pathogénique plutôt qu'aux souches bénignes.
-L'innactivation du ou des gènes impliqué dans la pathogénicité doit réduire la virulence.
-Le remplacement du gène muté par la version normale devrait restaurer la pathogénicité.
-Le gène en question doit être exprimé au cours de l'infection ou du processus de pathogénèse.
-Des anticorps ou des cellules immunitaire dirigés contr ele facteur d epathogénicité doivent se trouver dans l'hôte.

Transformation Bactérienne
La transformation bactérienne est la capture par des bactérie en état de compétence d'ADN bactérien dans l'environnement et l'intégration par recombinaison de cet ADN dans le génome.
Ce procédé est hautement aléatoire, puisque 10⁻3 bactérie sont compétente dans des condition d'éxcès d'ADN, ce qui n'est pas le cas de l'environnement.
De même l'état de compétence est transitoire.
La compétence est stimulée par des facteur bactérien, induisant la synthèse de la machinerie protéique de fixation, de transport et les nucléase impliquée dans le processus de capture, digestion et transport vers le cytoplasme de l'ADN exogène.
Ce procédé très complexe a été décrit en détail pour Bacillus subtilis et Haemophilus influenzae.
Il semblerait qu'il s'agisse d'un systeme de réparation de l'ADN lors de modification des conditions de croissances.

Bactérie Gram +/-
Cette nomenclature décrit la structure du peptidoglycane principalement rencontré chez les bactéries.
Gram + indique un peptidoglycane épais
Gram - indique un peptidoglycane fin situé entre deux membranes plasmique.

Il y a bien évidemment des exception, comme la structure des Mycobacterium et Corynebacteries.

Plasmide
Les plasmides sont des chromosome bactériens supplémentaire, portant une information génétique supplémentaire par rapport au chromosomes bactérien.
Le nombre de plasmide est limitée dans une bactérie. A noter que les plasmides disposent de leur propre méthode de régulation de leur réplication et parfois leur propre appareillage.
Ces plasmides peuvent coder pour des information métabolique (opéron ARs pour l'arsenic), des gène de résistance aux contrainte environnementales (résistance aux antibiotique).
Ces plasmide pourraient être issus de Bactériophages lysogène-pseudolysogène, comme le laisse supposer les méthode de réplication de certains plasmide typiquement virale comme le cercle roulant)
Ces plasmides se transmettent par conjugaison, abordée ci après

Conjugaison bactérienne
Ou la vie sexuelle des bactéries. La conjugaison est la trnasmission de plasmide d'une bactérie à une autre. Pour ce faire, le plasmide doit disposer du facteur F permettant la synthèse de la machinerie de réplication et de transfert de plasmide. (Pili de reconnaissance, pont de transfert, replication par cercle déroulant)
A noter qu'il existe des plasmide pouvant être transféré mais ne pouvant le fair eux même par manque de facteur F. On appelle ces plasmides des plasmide mobilisable.

Transposon
Courte séquence d'ADN codant pour un gène ou deux capable de sauter d'un réplicon à un autre, par copier coller ou couper coller. Peuvent transmettre des gène de résistance à un antibiotique.
Ils sont non exclusif au bactérie, puisqu'il existent des transposon chez les eucaryotes et même chez les virus (phage cst infectant Clostridium Botulinum)
Ces séquence sont d'origine virales probablement (Phage µ se reproduisant ainsi, présence de réverse transcriptase sur les transposons eucaryotes, notamment humains)

bactétiophage
Virus infectant les bactéries. Il en exite de multiple type et différent cycle viraux, comme le cycle lytique (infection, réplication, destruction de l'hôte), le cycle lysogène (infection, intégration dans génome, passage au cycle lytique par stimulus extérieur), le cycle pseudolysogène (le phage forme un plasmide dans la cellule ou lysogénie instable et cycle chronique, ou la bactérie devient une usine à phage définitivement.
Ils sont à l'origine de la transduction.

Transduction
Transfert d'ADN par le biais d'un phage. Ce procéssus est excessivement rare.
Elle est de deux type.
1/ Transduction généralisée : Un phage lytique encapside par erreur de l'ADN bactérien. Celui ci est transmis à l'hôte qui peut le dégrader ou l'intégrer dans son génome. Faible probabilité que celà se produise.
2/ transduction spécialisée : Un phage lysogène lors de son excision embarque des gène de son hôte. Lors de l'infection d'un autre hôte, le cycle devient défectueux pour cause de manque de gène viraux, mais le gène emprunté peut s'exprimer.

Transfert Horizontaux de gène
Notion importante. Elle est la modification des micro organisme par captation des gène d'organisme parfois éloigné, que ce soit par transformation/transduction/conjugaison.
En ce qui concerne les plasmide à noter que les plasmides (tout comme les phages) sont limité par un spectre d'hôte.
A largement eu lieu au cours de l'histoire des être vivants.

Génome
Le génome peut etre compris comme l'ensemble des gènes nécéssaire pour la construction et l'entretien d'un être vivant. Gènes codant pour des protéines ou des ARN.
Un génome est une structure plastique, comme le montre les transferts horizontaux de gènes et les mutations.
Dans le cas d'une bactérie, le génome d'une espece est constitué du Core, commun à toute les souches plus de différent éléments pouvant êtres des ilots génétiques, des plasmides ou autre.

Code génétique
Tableau de conversion des codon de l'ARN messager (triplet de base) en acide aminés. Le code est dégénéré car il existe 64 codon, pour 21 possibilité (20 acide aminés plus le terminateur).



Sources : Prescott's microbiology 5th edition, The Desk Encyclopedia of microbiology,

Si vous avez des questions, requêtes et remarques avant que j'aborde les virus, n'hésitez pas.


Dernière édition par DementiaMagister le Dim 2 Aoû - 18:51, édité 2 fois
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 8:12

Pour moi c'est clair... Et super intéressant...
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 9:26

quinlan_vos a écrit:
Pour moi c'est clair... Et super intéressant...

Rien à ajouter! Smile

Par contre, n'est il pas dangereux de vouloir modifier génétiquement des organismes? Ne serait il pas mieux de chercher dans la nature ce qui pourrait détruire un organisme défectueux? Je pense que vouloir les modifier pour les contrôler c'est choisir la facilité...non? Je ne suis pas experte, je me pose des questions.
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Tzu Yo

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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 11:47

Je ne dois depuis ma tendre enfance ma survie au sens strict du terme qu'à mes injections pluri-quotidiennes d'insuline humaine.
Si j'en parle, c'est parce qu'elle est fabriquée par des bactéries génétiquement modifiées avec un gène humain, en remplacement de l'insuline porcine moins adaptée qui était utilisée auparavant chez les diabétiques.

Cette insuline sert aussi à améliorer la prise en charge des diabétiques de type 2, qui ont eux développé une résistance à celle fabriquée par leur corps avec les modes de vies trop sédentaires et l'alimentation trop copieuse et déséquilibrée de nos sociétés.

Bien entendu, je ne parle pas des OGM de plantes alimentaires uniquement créées pour permettre à des sociétés de se faire du fric, sans se soucier des écosystèmes. Je ne connais pas bien le sujet, même si je reste sceptique dessus.

Mais concernant la recherche génétique médicale, avec tout ce qu'elle apporte comme espoir chez les malades, elle ne devrait pas se trouver freinée par des religions qui ne se préoccupent pas des calvaires de certains malades. (La position de certains catholiques face au Téléthon est à ce propos ignoble.)
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 13:06

Oups! je savais qu'il aurai fallu que je précise. Désolée! Oui en effet je parlais des OGM, un bon éco-système me parait plus sécurisant que ces fruits et légumes bidouillés, non je ne suis pas écolo, ou alors, je ne le sais pas encore!
Pour la position des katos envers le téléthon, qu'ils s'agenouillent, je me ferais un plaisir de chooter dans leur postérieur! J'ai été kato, jamais je n'ai agit de la sorte! J'y participe dès que je le peux! I love you
Pour la science médicale, cherchons, cherchons et avançons!!!
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 17:34

Au niveau des OGM, je préfère ne pas me prononcer...

Dans la recherche médicale, j'ai lu quelques articles sur des développements récents de combat contre le concert.

Le principe était d'utiliser des virus bactériophages, de les modifier génétiquement pour qu'ils expriment à leur surface des récepteurs spécifiques à certaines protéines qu'apparemment seuls les cellules tumorales expriment également.

Ils accrochent alors également sur ces bactériophages des nanoparticules d'or.

Résultat: en injectant les bactériophages, ceux-ci se fixent spécifiquement aux cellules tumorales. Une fois que c'est fait, on soumet le patient (pour l'instant, c'est juste des souris) à un champ électromagnétique dont la fréquence correspond à la fréquence propre de vibration de l'or (par le phénomène de résonance, il suffit d'avoir fait de la balançoire pour savoir ce que c'est). Conséquence, l'or chauffe un max, et détruit thermiquement la cellule tumorale et uniquement celle-là. Jusqu'à présent, les tests faits sur des souris ont montré une complète élimination du cancer. Avec bien sûr une diminution optimale des "dégâts collatéraux", principal inconvénient des méthodes traditionnelles utilisées jusque là.

Fabuleux, non?
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quinlan_vos
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 17:36

Cool!

Je vais pouvoir continuer la cigarette! affraid
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 18:36

tguiot a écrit:
Au niveau des OGM, je préfère ne pas me prononcer...

Dans la recherche médicale, j'ai lu quelques articles sur des développements récents de combat contre le concert.

Contre le concert ?!

T'as un problème avec le Hellfest toi aussi Evil or Very Mad Evil or Very Mad Evil or Very Mad ??
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 18:41

Oui, en effet, c'est "cancer"
Donc ces bactéries ont une espèce d'auto-destruction inscrite dans leur code génétique? Ou c'est plus compliqué que cela...
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DementiaMagister

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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 18:47

tguiot a écrit:

Le principe était d'utiliser des virus bactériophages, de les modifier génétiquement pour qu'ils expriment à leur surface des récepteurs spécifiques à certaines protéines qu'apparemment seuls les cellules tumorales expriment également.
Ce serait plutot les ligands des recepteur de surface des cellules cancereuse non ?

Citation :
Ils accrochent alors également sur ces bactériophages des nanoparticules d'or.
Pas nécéssairement, çà marche aussi avec n'importe quel métal.
Il suffit de passer le patient à la RMN et le tour est joué !

Dans le même domaine, on a un virus trafiqué qui code pour une toxine qui sera sécrétée dans les cellules cancéreuse infectée.

Mais là, c'est risqué.
Citation :
Donc ces bactéries ont une espèce d'auto-destruction inscrite dans leur code génétique? Ou c'est plus compliqué que cela.
On ne confond pas génome (ensemble des gène) et le code génétique, la conversion des codon de l'ARNm en acide aminé.

De même, les bactérie n'ont pas de mécanisme d'apoptose (mort cellulaire programmée).
Je vais rajouter une entrée dans mon glossaire ci dessus.
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tguiot



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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 19:54

Pakete a écrit:
tguiot a écrit:
Au niveau des OGM, je préfère ne pas me prononcer...

Dans la recherche médicale, j'ai lu quelques articles sur des développements récents de combat contre le concert.

Contre le concert ?!

T'as un problème avec le Hellfest toi aussi Evil or Very Mad Evil or Very Mad Evil or Very Mad ??


oulà, ça va mal... le "cancer" bien sûr. Je devais penser au prochain carton que j'allais faire à guitar hero Razz
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tguiot



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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeDim 2 Aoû - 19:58

DementiaMagister a écrit:
tguiot a écrit:

Le principe était d'utiliser des virus bactériophages, de les modifier génétiquement pour qu'ils expriment à leur surface des récepteurs spécifiques à certaines protéines qu'apparemment seuls les cellules tumorales expriment également.
Ce serait plutot les ligands des recepteur de surface des cellules cancereuse non ?

oui voilà, les ligands! j'avais oublié le mot, mes cours remontent à pas si loin que ça, mais ça va vite la perte de mémoire. Alors je me suis permis une petite simplification qui ne prête pas trop à conséquence. Merci pour la rectification, c'était bien ce que j'avais en tête.

DementiaMagister a écrit:
Citation :
Ils accrochent alors également sur ces bactériophages des nanoparticules d'or.
Pas nécéssairement, çà marche aussi avec n'importe quel métal.
Il suffit de passer le patient à la RMN et le tour est joué !
Oui, j'imagine que plus ou moins n'importe quel métal fait l'affaire. C'est juste que dans l'article que j'avais lu, ils avaient fait le test avec de l'or. Si n'importe quel métal fait l'affaire, certains sont plus efficaces que d'autres (et moins toxiques aussi peut-être?).
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeLun 3 Aoû - 9:57

Je n'ai pas traité des opérons dans le glossaire car il me semblait plus pertinent d'en traiter avec ce qui va suivre :

Transfert d'information génétique bactérien
Point 1 : la réplication.
Pour ce faire, la double hélice d'ADn est ouverte par reconnaissance d'une séquence spécifique, à savoir l'origine de réplication. Se produit alors une coupure de l'ADN. Les brins seront séparés par l'action d'une hélicase, les brins d'ADN s'arriment dès lors aux protéine SSB. De même, les gyrases interviennent pour conserver une structure adéquate. Dès lors, commence la synthèse par l'action de la DNA polymérase 3, qui lit le brin matrice de l'extremité 3' vers 5', tout en assemblant de 5' à 3'. La réplication étant unidirectionnelle, on dispose d'un brin normal et d'un brin retardé, devant être "plié" pour que la réplication puisse se faire.
Sur ce brin retard, des amorce d'ARN, les fragment d'okazaki sont requis pour le bon travail de la polymérase.
Ces amorces sont synthétisées par une enzyme appelée la primase, dans un complexe protéique appelé primosome. Ces fragments seront dégradés au cours du processus par l'activité exonucléase de la DNA polymerase 1. Les brins retardé sont assemblé entre eux par l'action d'une ligase.
Le procédé se déroule jusqu'à totale réplication du chromosome principal bactérien.
A noter qu'il peut y avoir plusieurs origines de réplication. et que à chaque origine correspond deux fourche de réplication, allant chacune dans un sens opposés.
Ce mécanisme concerne le chromosome principal des bactéries.
La Microbiologie Dna_re10


Pour les plasmides, on peut avoir un mécanisme par cercle roulant.

Cette réplication par cercle roulant est impliqué dans le processus de conjugaison lors du transfert. Et dans la réplication de certains bactériophages.
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Rolling_circle.svg
(une fourche de réplication, puis après synthèse d'un brin complet au moins, synthese du brin matrice par dessus.)

Transcription et traduction
Ces deux procédé sont simultané chez les Bactérie.
Pour celà, il suffit que le facteur sigma de l'ARN polymérase détecte le site de reconnaissance situé 35 base en amont de la séquence codante, puis il y a fixation sur le site 10 bases avant cette séquence.
Ensuite, la transcription en ARN peut démarer. Celle ci est le fait de l'ARN polymérase, un complexe multiprotéique. La sous unité sigma dépends des conditions et permet d'exprimer certains gènes quand les circonstance l'exigent.
La transcription se termine lorsque une séquence appelé terminateur est rencontrée. Celle ci une fois transcripte forme une structure dite "épingle à cheveux" qui décroche la RNA polymérase.

Noter qu'un gène est souvent transcript en grande quantité, et que la durée de vie de l'ARN messager est assez faible.

Une fois l'ARN messager synthétisé, les ribosome se fixent sur la séquence shine dalgarno, et se déplace jusqu'à initiatin de la traduction (le site AUG), où une formylméthionine est amenée par un ARN de transfert.
Cette initiation de la traduction dépends aussi de facteur protéique appelé IF (initiating factors),
Ensuite, par une série de changement conformationnel, et l'action des facteur d'élongation, les ARN de transferts amènent les autres acide aminés. Ceux ci sont assemblé en peptide par le ribosome. Cette activité est catalysée par l'ARN du ribosome, car les protéine de ce ribosome n'ont qu'un rôle structural.
Une fois le codon stop atteint, un terminateur de traduction se fixe au ribosome, celui ci se dissocie suite à l'action des facteur de relargage (RF factors), et la protéine est relachée.

Maintenant, j'aimerais abordé un point très important :
La régulation des gène et leur assemblage.
Les bactéries ont les gène organisés en opérons, à savoir qu'il s'agit de gène sous une même séquence promotrice, produisant un ARN polycistronique (un cistron = un produit de traduction, grosso modo). Ces gènes sont controlés par une séquence dite opératrice, qui va gérer leur expression.
Les exemples les plus connus sont l'opéron lactose et tryptophane.
L'opéron lactose,par exemple, contient les gène nécéssaire au catabolisme du lactose. Il est réprimé par une protéine réprésseur, se fixant sur l'opérateur et empechant la transcription/traduction. En présence de lactose, le répresseur est modifié et ne peut plus jouer son rôle, donc synthèse des protéines.

Combiné aux facteur sigma, les bactérie ont donc accès à une régulation subtile de l'expression des gènes.

Sources : Prescott Microbiology 5th edition, The dictionnary of cellular and molecular biology, JM lackie 4th edition.
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tguiot



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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeLun 3 Aoû - 12:00

Apparemment, tu parles ici de l'ADN bactérien. Est-ce qu'il existe aussi des zones d'amorce sur cet ADN (par exemple la fameuse boite TATA), ainsi que des zones stop? Mes cours remontent, et je ne sais plus si c'est juste propre aux eucaryotes.

Si c'est le cas, il faudrait peut-être le mentionner? c'est plutôt important, non?
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeLun 3 Aoû - 12:26

tguiot a écrit:
Apparemment, tu parles ici de l'ADN bactérien. Est-ce qu'il existe aussi des zones d'amorce sur cet ADN (par exemple la fameuse boite TATA), ainsi que des zones stop? Mes cours remontent, et je ne sais plus si c'est juste propre aux eucaryotes.

Si c'est le cas, il faudrait peut-être le mentionner? c'est plutôt important, non?

En fait, il y a des régions similaires chez les bactéries et les eucaryotes. (Enfin, des zones avec une fonction similaire à la Tata box, mais j'ai plus le nom en tête).

Ce qui différencie surtout les bactérie des eucaryotes, c'est la transcription/traduction.
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeLun 3 Aoû - 12:49

Le fait que les deux se passent simultanément, tu veux dire?

Effectivement, si je me souviens bien, chez les eucaryotes, la transcription se fait forcément dans le noyau, et les ARN migrent alors vers le cytoplasme pour poursuivre avec la traduction.

Est-ce la seule différence?

Peut-être tu en parleras plus tard, je ne voudrais pas trop anticiper sur ton "cours".
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeLun 3 Aoû - 17:59

tguiot a écrit:
Le fait que les deux se passent simultanément, tu veux dire?
Oui.
Pour les eucaryotes, je penses que je vais en parler plus tard.
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeMer 5 Aoû - 9:03

Replication de l'ADN chez les eucaryotes :

La replication de l'ADN chez les aucaryotes est assez similaires à celles des procaryotes, mais avec de différences qui seront développés.
Tout d'abord, les eucaryotes ont des chromosomes linéaires, composés d'éléments terminaux (les télomères) et de l'élément central (centromère).
L'ADN n'est jamais nu, il est lié a des histones, le tout formant un complexe macromoleculaire appelé chromatine, dont le degré de "compaction" dépends d'une part des modification de certaisn groupement sur les histone, et d'autres part du cycle cellulaire.

La replication chez les eucaryotes dépends fortement du cycle cellulaire, car elle se produit en phase S de ce cycle. Le cycle cellulaire est controlé par un ensemble de protéine appelé Cycline dérivé kinase. Ce controle est impératif, car sans ce contrôle, la multiplication des cellules serait anarchique. C'est l'une des caractéristique des cellules cancéreuses

La replication chez les aucaryotes est dans les grandes lignes similaires à celles des procaryotes, la diffrérence étant d'une part dans la complexité des DNA polymerase (et leur nom), la présence de nombreusse Origine de replication (séquence ARS, servant à recruter le complexe protéique d'initiation de la replication), et dans le raccourcissement des télomère à chaque replication (contournable grace aux télomérase)

http://en.wikipedia.org/wiki/File:DNA_replication_en.svg

Source : Lubert Stryer Biochemistry, 5th edition
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MessageSujet: Re: La Microbiologie   La Microbiologie Icon_minitimeJeu 6 Aoû - 10:32

Transcription chez les eucaryotes
Chez les Eucaryotes, du faits de la structure de la cellule et de l'ADN empaqueté, la transcription diffère de celle des procaryotes.
Ainsi, la transcription et la maturation de l'ARn se fait dans le noyau chez les eucaryotes. MAis la traduction se fait dans le cytoplasme.
De même, la chromatine (ADN + Histone, en fonction de son niveau de compacité peut ou non permerttre l'accès aux promoteur aux facteurs de transcription)
De même, des séquences de controle (enhancer et represseur) située en 5' peuvent, agir sur la transcription ou non de certains genes.

Chez les eucaryotes cohabitent 3 RNA polymerase :
RNA Pol I : transcription de l'ARNribosomal, sauf le 5S.
RNA Pol II : Transcription des ARNmessages et des ARNsn (small nuclear)
RNA Pol III : Transcription des ARNt, de l'ARNr 5S et d'autres ARNsn.

Pour que ces ARN polymerase puissent fonctionner, il est nécéssaire qu'elles utilisent un facteur de transcription. Ces facteur de transcription permettent la reconnaissance de la TATA box (site en -30 )par le complexe enzymatique qui servira à recruter la RNA polymerase correspondante.
L'elongation de l'ARN est similaire à celle des procaryote.

Mais néanmoins, il y a une différence de taille, à savoir que chez les eucaryotes, l'ARN est modifiée après la transcription.
Ainis, les ARNm se veront ajouté en 5' une coiffe, constitué par une 7méthyl guanosine relié par une liaison 5'-5' à la base suivante, plus methylation des bases suivante.
En 3', la séquence AAUAAA déclenchera l'adjonction d'une queue poly A à l'ARNm.
Ces structures auront une importance pour la traduction.

Avant d'être envoyé dans le cytoplasme, les ARN subissent une étape de maturation par épissage. L'epissage consiste en l'excision des Introns, segment non codant présent dans l'ARN. A noter qu'en fonction des conditions présente dans la cellule, un même produit de transcription peut subir différent épissage.
Un intron commence par un GURAGU et se fini par un NCAG (R base purique, et N n'importe qu'elle base). Il est aussi caractérisé par la présence, au milieu d'une séquence riche en pyrimidine, de la séquence CURAY (où A est l'adénine point de branchement, R une base purique et Y une base pyrimidique). AU niveau de l'adénie aura lieu la réaction de transésthérification qui permettra l'épissage de l'intron et son excision.

Il est important de noter que ce mécanisme est autacatalytique : c'est la structure seule de l'ARN et sa séquence qui catalyse ce procédé, aucune enzyme protéique n'y intervient.

D'autres modification post transcriptionnelle sont possible, comme une modification des bases (ajout d'une Inosine par exemple, ou d'une thio-uracile etc...)
Surtout pour les ARNr ou ARNt.

EDIT : sources, Introduction to Genetic analysis 9th edition de Griffith et Molecular Cell biology 5th edition, Lodish et al.
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